目的 阐明1977-2010年分离自云南的63株流行性乙型脑炎(乙脑)病毒的基因型和分子流行病学特点.方法 病毒株常规接种乳小白鼠,取发病濒死的乳鼠脑组织经研磨制成上清液,提取病毒核酸,通过RT-PCR扩增乙脑病毒E基因序列,采用ClustalX、DNAstar和Mega 5.0等生物学软件进行核苷酸和氨基酸序列分析及系统进化树分析.结果 云南乙脑病毒分离株均可引起乳鼠发病和死亡.经RT-PCR和序列测定获得63株乙脑病毒的E基因序列,进化树和同源性分析表明,47株属基因1型,16株为基因3型.基因1型可分为2个进化群,其中云南最早的基因1型分离株(M28,1977;BN82215,1982)与泰国早期基因1型分离株(U70416,1982;DQ084229,年代不详)同处一个进化群;2007-2010年基因1型分离株分布于两个次级进化分支;16株基因3型分布于3个进化群中,其中20世纪70-90年代分离株分布于两个进化群,2004年分离株处于另一进化群.此外,无论基因1或3型乙脑病毒的抗原性、致病性和毒力等主要氨基酸位点均未发生明显改变.结论 云南省存在基因1和3型乙脑病毒流行,1型为近期主要流行型.云南省不同年代和地域的乙脑病毒分离株存在明显差异并具有遗传多样性特点.本研究还提示基因1型乙脑病毒可能起源于中国云南省及相邻东南亚地区.