肠道病毒5'-非翻译区测序分型的应用评估
摘要：
目的 评估5’-非翻译区(5’-untranslated region,5’-UTR)扩增测序法对临床标本直接进行肠道病毒(enterovirus,EV)血清型分型的价值.方法 收集实时荧光聚合酶链反应(real-time PCR)检测EV通用型核酸为阳性的肛拭518份、鼻拭148份,采用5’-UTR区逆转录PCR(reverse transcription PCR,RT-PCR)对标本中的EV进行扩增、测序、比对及血清型分型,与VP1(viral protein 1)区简并引物巢式PCR测序分型方法比较,两者不一致的标本经EV血清型特异性RT-PCR验证.结果 666份EV通用型核酸为阳性的标本,5’-UTR和VP1区各分型成功553例(83.0％)和318例(47.7％),P＜0.001;以VP1法为参考,对肛拭中主要检出的血清型CoxA6(217例)、CoxA 16(88例)、EVA71(40例)、CoxA10(28例)和CoxA4(27例),5’-UTR法敏感度(57.1％～100％)、特异度(67.4％～98.1％)以及方法一致性(kappa值0.188 ～0.847),均因血清型而异;对鼻拭中主要检出的血清型EVD68(15例),5’-UTR法敏感度100％,特异度91.1％,一致性差(kappa值0.217).分型不一致标本,经CoxA6、CoxA 16、EVA71、CoxA10和EVD68型特异性RT-PCR验证,大部分得以确认.以VP1法联合型特异性RT-PCR法为参考,5’-UTR法的敏感度和特异性以及与参考方法的一致性均提高.结论 5’-UTR对肠道病毒的分型的敏感度和特异度因血清型而异,应用时应根据研究目的综合考虑.
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doi：
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关键词：
肠道病毒
5'-非翻译区
逆转录·聚合酶链式反应
测序
分型
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Keyword：
Enterovirus
5'-untranslated region
Reverse transcription-polymerase chain reaction
Sequencing
Serotyping
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作者：
唐诗欢
谢争华
刘朵朵
袁颖
陈满君
范笑地
丁细霞
余楠
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Author：
Tang Shihuan
Xie Zhenghua
Liu Duoduo
Yuan Ying
Chen Manjun
Fan Xiaodi
Ding Xixia
Yu Nan
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作者单位：
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刊名：
中华实验和临床病毒学杂志
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Journal：
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年，卷(期)：
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所属期刊栏目：
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基金项目
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在线出版日期：
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