长链非编码RNA PVT1在肿瘤中的表达及生物信息学分析
摘要：
目的 通过生物信息学分析及实验验证,揭示长链非编码RNA PVT1在肿瘤中的表达及作用机制,为肿瘤的发病机制研究提供新的思路.方法 从starBase v2.0 公共数据库分析PVT1在14种常见肿瘤中的表达,利用PVT1 RNA原位杂交实验验证PVT1在肿瘤中的表达方式.运用UCSC Genome Browser、HMDD v2.0、miRTar Base、JASPAR等数据库对长链非编码RNA PVT1的上游转录因子、下游靶microRNA及靶基因进行生物信息学预测及分析,并进一步推导其分子调控通路.结果 通过starBase数据库分析及RNA原位杂交实验验证,PVT1在肾透明细胞癌和结直肠癌中高表达.PVT1受上游CREB1、Atf1、SP1、KLF5、STAT3等转录因子的调控;PVT1能与miR-16特异性结合并调控其表达, miR-16的靶基因bcl-2、VEGFA、CCNE1、CCND1、SHOC2与PVT1的转录因子存在相互作用,形成一个反馈调控通路.结论 PVT1在肾透明细胞癌及结直肠癌中高表达,生物信息学预测分析显示转录因子/PVT1/miR-16/靶基因信号轴可能是肾癌及结直肠癌的重要分子机制,为进一步研究长链非编码RNA功能机制提供新思路.
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doi：
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关键词：
计算生物学
芯片分析技术
原位杂交
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Keyword：
Computational biology
Microchip analytical procedures
In situ hybridization
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作者：
王苗
高巍
白云飞
卢德宏
滕梁红
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Author：
Wang Miao
Gao Wei
Bai Yunfei
Lu Dehong
Teng Lianghong
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作者单位：
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刊名：
中华病理学杂志
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Journal：
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年，卷(期)：
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所属期刊栏目：
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基金项目
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在线出版日期：
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