南宁分离株A(H3N2)流感病毒神经氨酸酶遗传变异及蛋白结构分析
摘要：
目的 应用生物信息学方法分析南宁市2007-2012年A(H3N2)亚型流感病毒分离株神经氨酸酶NA的遗传变异规律、二硫键、酶活性中心位点、抗原决定簇位点、糖基化位点及蛋白结构变化情况. 方法 通过RT PCR扩增H3N2病毒NA基因并测序,运用生物软件对所测序列进行拼接和同源比对;通过构建系统进化树分析进化规律,通过同源建模分析蛋白结构的变化. 结果 系统进化树将40株NA基因序列分为4个类群,呈多侧支流行;毒株的二硫键高度保守,酶活性中心位点224和位点276出现氨基酸的替换,部分毒株NA抗原决定簇328、332、336、434氨基酸位点发生替换;所有毒株200、329和402糖基化位点全部丢失,部分毒株在367位点增加一个糖基化位点,在234位点丢失一个糖基化位点;HA晶体结构分析氨基酸突变位点主要发生在β折叠部位和无规则卷曲部位. 结论 南宁分离株A(H3N2)亚型流感病毒变异活跃,抗原决定簇位点、酶活性中心位点、糖基化位点均出现氨基酸的替换.因此应继续加强对南宁市的流感监测,及时了解当地流感的流行趋势和病毒的抗原变异情况,为全国的流感预防、控制、预测及流感疫苗株的开发提供理论依据.
-
doi：
-
关键词：
A(H3N2)亚型流感病毒
神经氨酸酶
遗传变异
蛋白结构
同源建模
-
Keyword：
Influenza A virus subtype H3N2
neuraminidase
protein structure
hereditary variation
modeling homology
-
作者：
秦剑秋
裴建新
林新勤
王亮
黄莉
刘海燕
-
Author：
QIN Jian-qiu
PEI Jian-xin
LIN Xin-qin
WANG Liang
HUANG Li
LIU Hai-yan
-
作者单位：
-
刊名：
中国病原生物学杂志
-
Journal：
-
年，卷(期)：
-
所属期刊栏目：
-
基金项目
-
在线出版日期：
-
页码：