单核苷酸多态性JSON文件的转换
摘要:
目的 对SNP原始文本格式转换成规范JSON格式,便于计算机软件分析人类的基因.方法 利用Node.js流函数pipe对庞大的SNP原始文本文件进行分段读取进内存并转换成规范的JSON格式,最后分段地写入到一个最终结果文件中去.结果 针对不同基因测序厂商提供的检测结果,提供了一种相对规范的JSON格式,开发出了转换工具包.结论 采用JSON文件格式可以较好、较简单地对多厂商的SNP原始文本文件进行规范的表达,使用Node.js开发的转换工具效率较高.
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doi:
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关键词:
单核苷酸多态性
JSON
Node.js
文件转换
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Keyword:
single nucleotide polymorphism
JSON
Node.js
file conversion
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作者:
王潘章
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Author:
WANG Panzhang
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作者单位:
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刊名:
北京生物医学工程
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Journal:
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年,卷(期):
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所属期刊栏目:
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基金项目
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在线出版日期:
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