本研究对2001～2011年本实验室保存的血清标本检测结果为麻疹IgM阴性,风疹IgM阳性病例相对应的咽拭子标本进行风疹病毒(Rubella virus,RV)分离,用RT-PCR方法对细胞培养产物鉴定后扩增病毒El基因,扩增产物用于核苷酸序列测定,并进行分子流行病学分析.结果表明,60份咽拭子标本共分离到31株RV,获得27株RV的739nt(nt8731～nt9469)核苷酸序列,系统同源性分析表明,27株RV分离株分别属于两个不同的基因型,除分离自2011年的11009株、11052株和11106株为2B基因型外,其他分离株均为1E基因型.27株RV分离株大部分的核苷酸突变为无义突变,氨基酸序列高度保守.24株1E基因型分离株中大部分毒株氨基酸序列完全一致,自2001年以来可能有来自同一传播链的RV在持续传播.本研究首次监测到2B基因型RV2011年开始在上海流行,经GenBank核苷酸序列比对发现,其与越南、日本、阿根廷等国家近几年的RV分离株核苷酸序列同源性达99％.由于以前对风疹的监测较少,尚不能证明其来源.