甲型流感病毒的抗原变异与流感的发生和流行密切相关.其抗原性变异的形式有两种:一种为抗原性漂移(antigenic drift),主要是由于编码血凝素(HA)或神经氨酸酶(NA)蛋白基因的一系列点突变,导致了H或N蛋白分子上抗原位点氨基酸的替换与同一亚型内HA和NA基因发生点突变有关,属量变,可引起中、小型流行;另一种为抗原性转变(antigenic shift),是指当细胞感染两种不同亚型的流感病毒时,病毒基因组的节段发生重配.抗原发生大幅度变异,属质变,往往形成新亚型,易造成大流行.在实验条件下常采用亚中和剂量的抗血清来选择变异株,不同年代分离的毒株的核苷酸序列比较研究可以看到核苷酸点突变积累是导致抗原漂移的重要原因.故非常难以预防.