目的 针对消化道疑似感染病例,采用高通量测序技术筛查病原体,并测定其全基因组序列,阐明其基因组及进化特征. 方法 通过对原因不明腹泻患儿的粪便进行病原体高通量基因测序,然后拼接其全基因组序列,采用最大似然法(选择bootstrap为1000)绘制主要抗原蛋白六邻体(hexon)、五邻体(penton)和纤维突蛋白(fiber)的进化树,分析进化特征;运用Recombination Detection Program version 4 (RDP4)软件进行序列重组分析;使用软件CLC Genomics Workbench 9.0分析突变位点. 结果 患儿临床表现主要为发热、呕吐、腹泻伴抽搐,通过对腹泻患儿的粪便样品高通量测序,使用本实验室高通量测序数据分析程序检出41型腺病毒(HAdV-41).进一步测序和拼接获得该病毒全基因组序列,其基因组全长34 138 bp.序列比对显示该病毒核苷酸序列与已报道序列的最高同源性为99％(Human adenovirus 41 isolate NIVD103),属于腺病毒F亚属.对该病毒六邻体、五邻体和纤维突蛋白进行进化分析,其六邻体与HAdV-41 isolate NIVD103,HAdV-41 isolate SH/2015/D16亲缘关系较近,五邻体与HAdV-41 isolate NIVD103,HAdV-41 isolate SH/2015/D16,HAdV41 isolate SH/2015/D240,HAdV-41 isolate SH/2015/D381亲缘关系较近,纤维突蛋白与五邻体相似;对全基因组序列进行重组分析,未发现明显的重组迹象,但突变分析显示引起此例腹泻的病毒株基因组有多处突变. 结论 从一例腹泻患儿粪便中检出的病原体为新的41型腺病毒,该病毒基因组与以往发现的41型腺病毒有较大差异,其流行态势、致病性及免疫原性值得关注.