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Pubmed——文献检索查询技巧

2018.10.25 17:45
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       不少同学PubMed和MEDLINE傻傻分不清楚,其实简单来说, PubMed包含的文献不局限于MEDLINE,还包括其他一些未被MEDLINE收录的文献。PubMed收录的文献有4种状态标记:①PubMed-as supplied by publisher;②PubMed-in process;③PubMed-indexed for MEDLINE;④PubMed。下面这张图显示了这4种状态标记之间的关系。(注:之前的OLDMEDLINE现已全部被转成 indexed for MEDLINE)

PubMed范围图.png

     1智能匹配

      在讲智能匹配之前,小编要先给大家科普一个概念:MeSH。 MeSH全称Medical Subject Headings,即医学主题词,是NLM编制的规范化主题词表,以它作为生物医学标引的依据以及建立MEDLINE数据库(只有被MEDLINE收录的文献才有MeSH词标引),在检索时,某些含义相近或不规范的用语都会被归为规范的MeSH词,因此用MeSH词检索可提高检索的准确性和全面性。

     1.1智能匹配的优势

      不知道同学们在检索PubMed的时候有没有发现, 当直接在首页的检索框输入检索词并且不加任何限定,检索出的文献会很多,这就是PubMed智能匹配的结果。小编用“renal failure”(肾衰竭)给大家举个例子:在检索框输入“renal failure”并且不加任何限制,检索结果页面右侧的“search details”显示: 

        PubMed首先将“renal failure”转换成MeSH词“renal insufficiency”去查,可别小看一个MeSH词哦,通过这个MeSH词,PubMed自动扩展检索了Acute Kidney Injury、Acute Kidney Tubular Necsis、Cardio-Renal Syndrome、Chronic Renal Insufficiency、Chronic Kidney Failure、Frasier Syndrom各种不同类型的“renal insufficiency”,随后还将“renal insufficiency”、“failure failure”各自进行了AND检索和词组检索,有没有感觉很贴心?这样一来,查出的文献数量当然很多啦!

      1.2 智能匹配的缺陷

      智能匹配虽然查得比较全,但有时也会查出一些相关度较低甚至根本不相关的文献。

  • 比如小编输入“single nucleotide”(单核苷酸)

  • 再看“search details”:

search details图.png

         其实呢,出现这种情况多半是因为输入的词组没有相应的MeSH词匹配,这时PubMed会将词组拆开,对每个单词进行自动匹配,所以Single就匹配到“single person”(单身)这个MeSH词了,智能检索有时也是蠢萌蠢萌的~

       1.3 智能匹配的自动关闭

       智能匹配并不总会进行,当输入的检索词含有截词符*,精确匹配符””,连字符-,或者字段限定符[ ],智能匹配就会自动关闭。

      2 MeSH检索

      为使检索更为精准,同学们可考虑使用MeSH检索。下面就带着大家一起操作。

       2.1 MeSH检索的一般步骤

       以“liver cancer”(肝癌)为例。

       在基本检索框的PubMed下拉列表中选中“MeSH”→输入“liver cancer” →检索得多条结果→根据每条检索结果下方的解释,选择符合要求的条目点击进入(此处选择liver neoplasms)

 MeSH检索示例.png

  • MeSH词下方显示副主题词(Subheadings),可按照检索要求与主题词搭配构建检索式→发送到“search builder” →完成检索

搭配构建检索式.png

         副主题词下方还有“Entry Terms”以及MeSH词的树状表。“Entry Terms”所列出的词表示,只要这些词被输入检索框,系统都会自动匹配到“liver neoplasms”这个MeSH词。而树状表列出了“liver neoplasms”的上位词和下位词,点击还可进一步查看。

树状表结构.png

       2.2 查询不到MeSH词的检索方案

       有时候根据以上步骤,直接输入检索词找不到对应的MeSH词,比如“tongue base cancer”(舌根癌),那怎么办呢?

检索方案.png

       可以用上级概念的MeSH词 自由词解决此类问题。首先可在基本检索框中输入“tongue base cancer”,字段限定在篇名在检索页面左侧找到“Show additional filters”→勾选“Journal categories” →点击“Show”,结果如下:

自由词范例.png

  • 此时页面左侧已显示“journal categories”→勾选“MEDLINE” →页面刷新后显示的所有的结果均为MEDLINE标引好的文献。

journal categories.png

       为什么要这么做呢?这么大费周折就是为了找出在MEDLINE里面和“tongue base cancer”高度相关的文章,这样一来,任意选择一篇都能找到文章中的MeSH词,选择与“tongue base cancer”最接近的上位MeSH词“tongue neoplasms”,并结合tongue base进行AND检索。

AND检索.png

千万不要忘记输入“AND tongue base”,这样才能从“舌肿瘤”研究的文献中把同时论及“舌根”的文章提取出来。

提取文献.png

       2.3 自由词查询最新文献

        MeSH检索虽然很强大,但最新的文献用MeSH词是检索不到的。因为标引MeSH词需要一定的时间,当最新的文献还处于“PubMed - as supplied by publisher”或者“PubMed – in process”的状态时,未标引MeSH词当然就检索不到啦。所以若想查全最新文献,可在MeSH检索的基础上,在PubMed输入自由词进行检索,时间限定在近半年。(ps:所谓自由词是与规范的MeSH词相对而言的,可以认为是输入检索框的任意词)。例如:

自由词查询最新文献.png

       小编在此要特别提醒大家, 自由词检索时应将尽可能将想到的同义词都放入检索式,如“cancer”“tumor”“carcinoma”“lymphoma”……,并且一定要记得将之前在MeSH检索选定的“Journal categories”的MEDLINE勾掉,不然搜来搜去还是在MEDLINE里面搜。

       总之, 文献检索是一个不断练习,不断修正,不断提升的过程。同学们每次在检索框输入检索式后,当发现检索结果不理想时应主动查看“search details”,根据“search details”显示的内容,结合要检索的课题仔细分析,思考下一步应如何优化检索策略。 在遇到不懂的问题时,除了请教身边的老师或者朋友,也可以多看看网站上的“help”,可能会收获良多。


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