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看了这个系列的文章,准备基金绝对不会缺思路了(一)!

作者:小张 时间:2018.09.29 来源:小张聊科研


很多人说要准备基金,但是没有思路。说实话,我以为你们平时看帖子的。我们以前写过那么多帖子,也有很多粉丝反馈从中获取了思路并成功申请基金的。那么,今天我们就把以前整理过的设计课题的内容整理一下,方便大家从中找思路。


方向lncRNA、转录因子和肿瘤 


微信推文:有了这个数据库,我反手就是一批课题!


在这篇文章中,我们介绍了LncMAP这个数据库(http://www.bio-bigdata.com/LncMAP/index.jsp),通过这个工具我们可以直接设计课题的方向是:lncRNAXXX通过转录因子TF调控靶基因Gene参与肿瘤发生发展,即关键词为lncRNA、转录因子和肿瘤。

在这篇文章中,我们介绍了如何lncRNA与转录因子调控肿瘤发生发展这个方向的课题,比如:

  1. lncRNA RP11-217B7.2通过转录因子EBF1调控SNAI1在肺腺癌发展中的功能和机制研究;

  2. lncRNA AC011513.4通过DDX17-SNAI1信号通路影响肺腺癌发展中的功能和机制研究;

  3. lncRNA RP11-344E13.3通过E2F6转录调控ZEB1在肺腺癌发展中的功能和机制研究;

  4. lncRNA FZD10-AS1通过SPI1转录因子调控ZEB1在肺腺癌细胞上皮间质细胞转分化中的研究

  5. 肺腺癌细胞上皮间质细胞转分化新通路:lncRNA RP11-820L6.1/TCF12/ZEB1

  6. lncRNA RP11-166D19.1在肺腺癌发展中的功能和机制研究;

  7. lncRNA CTB-41I6.1/E2F6/ZEB1信号轴在肺腺癌发展中的功能和机制研究;

下面我们看一下这个类型的获得资助的基金:

  • 长链非编码RNA MEG3结合转录因子FUS抑制前列腺癌细胞增殖的机制研究(2018)

  • 长链非编码RNA Erbb4-IR靶向抑制抗纤维化转录因子KLF15在慢性肾衰竭中的作用及机制研究(2018)

  • LncRNA NR_120526结合转录因子ILF2/3调控血红蛋白F合成的机制研究(2018)


如果大家要用这个思路设计课题,可以参考以下文章:

  1. SNHG6 Promotes Tumor Growth via Repression of P21 in Colorectal Cancer.Cell. Physiol. Biochem. 2018;49(2)

  2. Long Noncoding RNA Meg3 Regulates Mafa Expression in Mouse Beta Cells by Inactivating Rad21, Smc3 or Sin3α.Cell. Physiol. Biochem. 2018;45(5)

  3. Long Noncoding RNA LINC00673 Is Activated by SP1 and Exerts Oncogenic Properties by Interacting with LSD1 and EZH2 in Gastric Cancer.Mol. Ther. 2017 04 05;25(4)

下面我们以Mol. Ther这篇文章为例看一下思路:

文章发现lncRNA LINC00673在胃癌中发挥癌基因的功能,上游被转录因子SP1激活,下游与LSD1和EZH2结合,从而抑制下游靶基因KLF2和LATS2表达:

文章的结果部分包括了:

关键实验方法包括了RIP、RNA Pull-Down Assays、Luciferase Reporter Assays和ChIP Assays等。


方向二:如化合物(比如酶和代谢物)、功能注释(比如信号通路和疾病)、一般概念(比如药物适应症和副作用)和分子(比如基因、蛋白、miRNA、转录因子、突变)


微信推文:有了这个数据库,我顺手又是一批课题!


在这篇文章中,我们介绍了DES-ncRNA这个数据库(http://www.cbrc.kaust.edu.sa/des_ncrna/home/index.php)

在这篇文章中,我们介绍了通过逻辑关系来设计课题的方法,方向就非常宽了:包括了化合物(比如酶和代谢物)、功能注释(比如信号通路和疾病)、一般概念(比如药物适应症和副作用)和分子(比如基因、蛋白、miRNA、转录因子、突变)等。


比如我们可以选择miRNA和MAPK通路作为出发点设计一个:

这里我们查到4条,也就是说miRNA通过调控靶基因XXX和通路这样的模式。

这样的基金和文章就非常多了:

  • 基于MiR21/RasGRP1/MAPK通路探讨健脾清化方调控NK细胞-巨噬细胞轴改善2型糖尿病肠道胰岛素抵抗的作用

  • miR-133调控EGFR/MAPK通路在骨癌痛吗啡耐受中的作用及机制研究


由于miRNA调控靶基因和通路的研究思路我们已经介绍的很清楚了:

就不展开说了。


方向:基因突变miRNA


微信推文:(工具篇)S5E59:从一个神器衍生出来的四个课题


在这篇文章中,我们介绍了SomamiR DB这个数据库(http://compbio.uthsc.edu/SomamiR/home.php),

通过这个工具我们可以直接设计课题的方向是:基因突变与miRNA,在这篇文章里面我们给出了关键词为miRNA、circRNA、基因突变和胰腺癌的课题:

关键词:胰腺癌,TERT,hsa_circ_0071705,microRNAs(hsa-miR-340-3p,hsa-miR-6827-3p和hsa-miR-6895-3p)和chr5:g.1281917C>突变。

  1. TERT基因的转录本hsa_circ_0071705与肿瘤的关系是怎样的?

  2. microRNA 340与胰腺癌的关系如何?

  3. hsa_circ_0071705与microRNA 340发挥功能是否有关,两者是否存在调控关系?

  4. chr5:g.1281917C>突变在hsa_circ_0071705作为microRNA 340的sponge(海绵)中有什么影响?


不知道后来大家有没有去试一下,基因突变影响circRNA与miRNA的结合还没有文章,不过lncRNA的已经有了,文章分数还不低:

(策略篇)S4E20:一篇22分的NG教你如何设计课题

这个思路个人感觉还是不错的,如果能做出来,文章分数不低的。


文章上,除了上面这篇NG外,文章也有不少可以参考。其中当突变(SNP)发生在非编码区的时候我们介绍过有哪些可行的思路:

突变位点在非编码区,这可怎么办?

具体就不展开说了。


这次的内容就到这里,下次我们继续总结相关思路。


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