我国HIV-1CRF01_AE毒株辅助受体利用的基因预测可行性研究

摘要:

目的 探讨HIV-1辅助受体基因预测工具对我国流行的CRF01_AE毒株辅助受体利用的可行性.方法 从北京市、广西壮族自治区、四川省的HIV-1感染者中分离出CRF01_AE毒株22株,利用基因型方法(11/25规则、WebPSSM和geno2pheno)对病毒辅助受体利用情况进行预测,将预测结果与经GHOST细胞系检测的表型实验结果进行比较.结果 经GHOST细胞系检测,22株CRF01_ AE毒株中,4株利用CCR5/CXCR4辅助受体,18株利用CCR5辅助受体.11/25规则预测与表型实验的一致率为86.4%;geno2pheno中,G2p-clinical、NGS-sanger和G2p-colon模型预测与表型实验的一致率分别为95.5%、86.4%和68.2%;WebPSSM中,PSSM-sinsi_B、PSSM-x4r5和PSSM-sinsi_C模型预测与表型实验的一致率分别为86.4%、72.7%和45.5%.结论 对于我国CRF01_AE毒株的HIV-1感染者,在使用辅助受体拮抗剂之前应进行辅助受体利用的预测,Geno2pheno是较准确的辅助受体基因预测工具.

Abstract:

  • doi:
  • 关键词: HIV-1 CRF01_AE毒株 辅助受体 基因预测
  • Keyword: HIV-1 CRF01_AE strain Coreceptor Genotypic prediction
  • 作者: 刘威男 肖瑶 王琛 张媛媛 丁奕博 王彦 冯毅 马丽英
  • Author: Liu Weinan Xiao Yao Wang Chen Zhang Yuanyuan Ding Yibo Wang Yan Feng Yi Ma Liying
  • 作者单位:
  • 刊名: 国际病毒学杂志
  • Journal:
  • 年,卷(期):
  • 所属期刊栏目:
  • 基金项目
  • 在线出版日期:
  • 页码:
相同研究主题
相关论文(与本文研究主题相同或者相近的论文)
Copyright © 2014-2019 晟斯医学 All Rights Reserved. 备案号:苏ICP备11037034号-5 版权所有:南京孜文信息咨询有限公司