应用sheⅡ脚本批量分析肠道病毒Sanger测序结果
摘要:
目的 编写shell脚本,批量完成柯萨奇病毒等肠道病毒Sanger测序结果的数据处理和比对分析,并为后续工作准备数据文件.方法 选择已完成手工分析的柯萨奇病毒等肠道病毒VP1基因测序文件,编写shell脚本模拟手工分析程序,顺序使用phred、phd2fasta和phrap等三个软件和单机版NCBI-BLAST软件可完成从碱基识别至序列比对的全部工作.比对结束后使用Linux命令筛选信息,生成样本和匹配的序列名称文件、基因型以及用于后续分析的序列文件.使用MEGA 6.0软件比较手工分析得到的序列与shel脚本计算得到的序列之间的相似性,评价shell脚本分析的可靠性.结果 使用shell脚本可完成所有功能.Shell脚本计算和手工分析的比对结果完全符合.结论 shell脚本分析缩短了测序结果分析中重复工作耗费的时间,使研究人员可更加专注于序列后续分析.
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doi:
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关键词:
Shell脚本
Sanger测序
手足口病
肠道病毒
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Keyword:
Shell script
Sanger sequencing
Hand
foot
and mouth disease
Enterovirus
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作者:
王斌
李洁
梁志超
杨扬
刘园
林长缨
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Author:
Wang Bin
Li Jie
Liang Zhichao
Yang Yang
Liu Yuan
Lin Changying
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作者单位:
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刊名:
国际病毒学杂志
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Journal:
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年,卷(期):
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所属期刊栏目:
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基金项目
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在线出版日期:
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