上海市2011-2017年风疹病毒基因特征分析
摘要：
目的 分析2011-2017年上海市风疹病毒(rubella virus,RV)野毒流行株的分子流行病学特征.方法 选择2011-2017年上海市报告疑似麻疹/风疹病例中经实验室诊断排除麻疹,确定为风疹病例所对应的咽拭子标本进行RV分离,用一步法逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增病毒E1基因,扩增产物进行核苷酸序列测定,并进行分子流行病学分析.结果 684份咽拭子标本共分离到395株RV,获得其中377株RV的739个核苷酸(nucleotide,nt)(nt8731～9469)序列.序列同源性分析表明,377株RV分离株分别属于两个不同的基因型,109株为1E基因型,与来自中国的参考株(RVi/Shandong.CHN/0.02/)亲缘性关系更近,其他分离株均为2B基因型,5株分离株在2B基因型中成一个独立小分支.377株RV分离株大部分的核苷酸突变为无义突变,氨基酸(amino acid,aa)序列高度保守,除1株外所有1E基因型RV分离株在E1蛋白aa338位点发生相同突变(亮氨酸→苯丙氨酸),而2B基因型分离株以及其他基因型WHO参考株在该位点均未发生改变.结论 2011-2017年上海市存在两种不同基因型RV流行,其中2011-2013年1E基因型为优势基因型.继2011年首次监测到2B基因型RV后,便持续存在流行,并自2014年起成为上海市的优势基因型.
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doi：
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关键词：
风疹病毒
2B基因型
1E基因型
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Keyword：
Rubella virus
Genotype 2B
Genotype 1E
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作者：
杨玉颖
王静
唐伟
朱贞
李云逸
王嘉瑜
李崇山
刘畅
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Author：
Yang Yuying
Wang Jing
Tang Wei
Zhu Zhen
Li Yunyi
Wang Jiayu
Li Chongshan
Liu Chang
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作者单位：
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刊名：
中华实验和临床病毒学杂志
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Journal：
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年，卷(期)：
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所属期刊栏目：
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基金项目
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在线出版日期：
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页码：