细粒棘球绦虫原头蚴水通道蛋白编码基因的转录组分析

摘要:

目的 应用转录组测序及生物信息学分析细粒棘球绦虫原头蚴水通道蛋白(aquaporins,AQPs)编码基因转录特征及其在细胞代谢通路中的作用. 方法 应用RNA测序(RNA-seq)技术对细粒棘球绦虫原头蚴进行转录组测序.从原头蚴样品中提取总RNA,纯化mRNA并制备链特异性文库,通过Illumina Hiseq X测序平台对RNA进行测序,然后对原头蚴的AQPs进行生物信息学分析,然后将过滤后序列(Clean Reads)与公共数据库进行BLAST比对.将检测样品与NCBI的参考基因组的序列比对,进行基因表达量分析、可变剪接预测分析及新基因的发掘,查找细粒棘球绦虫水通道蛋白基因型和转录本. 结果 测序获得6.73 Gb Clean Reads,Clean Reads与BLAST比对显示11 593条单基因簇得到功能注释;从检测样品中发掘新基因513个,其中286个得到功能注释;发现细粒棘球绦虫水通道蛋白共5个基因型、8个转录本. 结论 细粒棘球绦虫原头蚴存在AQPs,该蛋白是定位在细胞膜上的主要内在膜蛋白家族成员,主要参与胆汁分泌代谢通路Ko04976、碳酸氢盐代谢通路Ko04964,可作为细粒棘球蚴病治疗的药物靶点.

Abstract:

  • doi:
  • 关键词: 细粒棘球绦虫 原头蚴 水通道蛋白 转录组测序
  • Keyword:
  • 作者: 范俊杰 吴宏烨 李锴 叶彬
  • Author: FAN Jun-jie WU Hong-ye LI Kai YE Bin
  • 作者单位:
  • 刊名: 中国病原生物学杂志
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