生物医学科研工具锦囊分享

2019.06.27 15:13
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  在日常生活和科研中,我们不断地在学习和掌握新的知识和工具,工具用的好能明显提升工作效率和生活质量,小编手里就有一个生物医学科研工具锦囊,让我们看看有什么好用的工具吧。

  如果将这个道理放到学术研究(也是生产过程之一)中,即:我们积累了一定知识之后,借助一系列工具(各种试剂、仪器)进行探究和摸索,不断试错,优化生产工具和对生产工具的使用效率,最后尽可能实现最高效的产出。

  生物医学研究除了实验动物、细胞、常规的瓶瓶罐罐,还有一系列贯穿科研整个过程中的知识/文献获取、图像数据处理、实验结果展示等软件或者使用工具。

  那么,对这些常规的“科研工具”有清晰全面的认识,虽然不一定能保证科研产出,却是科研探究过程中的不可或缺的必备环节。因此,本文通过系统梳理生物医学常用的工具锦囊,希望能对入门者有一定的帮助和启示。


  1.资讯 | 管理

  研究生,围绕某个具体的专业方向进行学术探究,需要及时关注细分领域的学术动向和最新进展,比如学术关键词、该领域大牛的最新publications等,从而能获得对该领域的深入了解。因此在动手做实验之外,适当分配精力追踪这些学术资讯,颇有必要。

  但与此同时,检索工具影响,甚至控制着我们的信息源,而信息的质量又直接影响我们的决策。因此从高效检索和管理学术资讯的角度,推荐如下:


  1.1 Stork 文献鸟

  https://www.storkapp.me/

  Stork是斯坦福大学崔旭开发的一个专门做文献跟进的软件。 使用简单,比Pubmed RSS和Alerts更简洁方便,定制关键词,比如研究领域关键词、学术大牛(也会推送其最新的基金赞助情况)、学术期刊特定主题的文章等等。 这样,可随时跟进自己所从事研究领域的最新成果,做到科研圈内不out。 此外,文献鸟Stork会将每篇文章对应的期刊的影响因子用颜色标记出来。颜色越黄,说明期刊越好。它可以灵活设置推送到邮箱的频率,daily、weekly、monthly等等。


  1.2 Researchgate

  https://www.researchgate.net

  ResearchGate(researchgate.net)是一个被称为Facebook for researchers的社交网络服务网站,申请注册该网站需要有学术、教育机构的邮箱,比如学号邮箱。它针对科学专家学者提供一个研究分享平台,研究人员可以以注册该网站,并免费分享全球各个领域顶尖科学专家、学者最新科研成果和学术著作,而且能够按照他们的意愿迅速扩大整个研究领域对自己的研究成果的关注。


  1.3 RSS类

  诸多学术期刊的官网,都支持RSS订阅,win和mac软件各有千秋,弱水三千,只取一瓢饮,即可。 比如win平台的FeedDemon、mac平台的news explorer、reeder等。 QQ邮箱也有RSS 订阅功能。


  2. 搜索工具


  2.1 Pubmed

  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

  这个不多说,值得一提的可学会使用“advanced”提高检索效率,同时尝试“Create RSS” 、“Create Alerts”跟踪该检索式的最新动向。 此外,Pubmed 导出的题录格式,可以和Endnote/Note Express关联,系统管理文献异常方便。


  2.2 Google Scholar

  一般情况下,最前沿的学术动态都是英文的,因此英文学术检索,首推 Google Scholar。 或者,尝试微软的Bing,但使用体验和 Google Scholar无法相提并论。 英文学术检索,即使基本检索,也尽可能使用Google,屏蔽广告、提高检索效率是提高生活和学术效率的利器。


  2.3 Wikipedia

  如果想迅速概略性地了解某个学术名词,Wikipedia能给你提供基本的介绍和背景,基于词条背后的参考文献,然后按图索骥,参考具体词条的引用文献,再深入挖掘和探究。


  2.4 Web of Science

  Thomson Reuters旗下的在线多学科的引文检索系统,论文收录全面,包括会议报道、综述、原始研究论文等等。其,可个性化导出题录格式,结合文献管理软件Endnote等可高效、分类管理学术文献。


  2.5 本地检索:

  当累积海量文献和结果图片,在电脑上实现快速响应和本地检索就非常有必要。

  Win平台,力推轻巧高效检索软件,everything,五星推荐。

  Mac平台,力推Alfred,比自带spotlight更强大,五星推荐。


  2.6 其他

  图片检索: https://openi.nlm.nih.gov/

  NIH旗下的生物医学类的图片检索引擎,可检索pubmed收录的所有论文中的图片。 比如,想了解免疫荧光染色蛋白分子A科研同行对该指标的免疫染色情况,此图片检索引擎,作用巨大。

  抗体检索: https://www.citeab.com/

  查看,某个货号的抗体,具体运用在那些已发表论文中,可辅助理解该抗体的具体染色情况。

  图谱检索: http://www.brain-map.org/

  Allen Brain Atlas,神经科学必备的参考网站,汇集了和Brain解剖结构相关的所有信息。 可查看mice和human多种脑成像图谱,比如3D图谱;可查看诸多蛋白分子在脑内的表达分布情况。


  3. 文献下载

  如果学校购买多种数据库,文献可一键下载,那最好不过。 如果在在校外(而且无法代理访问学校数据库),或者某些文献无法通过常规数据库下载,此时可以通过以下方式解决。


  3.1 丁香园-文献求助

  几乎从未失败过,几乎所有偏,难,怪的文献都可找到。缺点是需要丁当,如何获取丁当,请参考丁香园官网,此处从略。


  3.2 Sci-hub

  https://sci-hub.cc/,校外文献下载神器。


  3.3 百度学术

  http://xueshu.baidu.com/ 百度学术的文献求助。


  4. 图像 | 数据

  再好的结果都需要做成图表,展示出来,方便学术交流。


  4.1 Prism Graphpad

  傻瓜式生物/统计作图软件,放入数据,图表(折线图、柱状图等)一键生成,还可以直接导入PPT;在PPT直接双击可继续返回直接修改。放弃excel做生物图表吧。


  4.2 AI 或 PS

  Adobe Illustrator或者photoshop,各有所长,能灵活运用即可;常规情况,首推photoshop。 对于,PS或者AI的学习,目前还没有发现比“我要自学网“,更系统全面的网站了。


  4.3 SPSS 、SAS & R 语言

  据说,统计是生命医学科研的魔术师。如果懂得统计学原理,不同的软件(SPSS 、SAS & R 语言)仅仅是实现统计分析工具,太本质的区别并不大。


  5. 结果|展示

  无非是微软的PowerPoint,或者苹果的Keynote。 如何让自己的学术同行 ,使你的研究结果,既有Power,又有Point呢。

  TED创始人Chris Anderson在TED Talks一书中写道: Prensentation literacy:

  The good news is, these skills (i.e. presentation skills) are teachable. They absolutely are. And that means that there’s a new superpower that anyone, young or old, can benefit from. It’s called presentation literacy. We live in an era where the best way to make a dent on the world may no longer be to write a letter to the editor or publish a book. It may be simply to stand up and say something . . . because both the words and the passion with which they are delivered can now spread across the world at warp speed.

  通过文字、声音、视频等重要的信息媒介,结合演讲方式来和外界交流信息、表情达意并籍此建立链接,是如今社会人完全融入社会的基本能力,这和识文断字(literacy)的读写能力同等重要。恰如TED的官方slogan——Ideas worth spreading。我们总是不断和外界进行语言沟通,思维互动,而能否真正简练有效地,把所思所想通过文字/语言(word)传达出去,让外界(world)不信息衰减地接收,即from the word to the world,是衡量个人综合素养的重要指标。


  这里为大家推荐阅读:

  做科研哪些必不可少的工具可以提高效率

  科研论文写作常用哪些工具?


  至于如何具体提高Presentation literacy,可分为道和术两方面:

  道:

  涉及个人思维体系是否严谨,逻辑结构是否清晰,审美能力高低与否,在这个纬度如何提升,TED Talks中有细致说明。

  术:

  版面匀称,配色合理,字图得体等等。此书,也有非常详细介绍。比如建议采用16:9还4 :3的比例,使用衬线字体Arial、微软雅黑等,尽可能避免衬线字体,如用宋体做正文。

  结语

  发展到现在,生产工具泛指一切可以改变劳动效率的工具,分为有形的和无形的,科学技术、组织管理、经营策略、资本等都属于生产工具,而生产工具往往又是由社会的精英群体率先发明制造并运用到实际生产活动中,其本身是劳动价值(简单劳动+复杂劳动)的凝结。

  生产工具是人类智慧与自然资源相联合的产物,主要功能是提升人类的劳动生产效率,生产工具可以在人类劳动中重复使用但并不直接转化为劳动成果,与生产资料有明确的界线。 生产工具的不断升级才是人类生产力发展最大的推力。

  同理,科研工具择其一二,熟练掌握和应用,是避免低水平重复,提高科研生产力和效率的重要途径。通过系统梳理这些工具包,对其有全面认识和了解,建立轮廓感,希望籍此避免“只见树木,不见森林”。

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