怎样用primer premier5.0软件设计引物序列

2018.11.30 16:09
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  primer premier5.0是一款功能很强大的软件,在分子生物学研究中被广泛运用。常被用于PCR反应中最重要的一环———引物设计过程。引物的好坏直接能关系到PCR实验的成功与否,同时在设计引物的时候也需要满足种种条件,因此利用该软件的计算分析功能,我们能快速得到我们最需要最适合的引物。那么,如何操作该软件设计引物序列呢?请看下面的操作。

  1.下载后安装软件,并打开

  2.然后进入NCBI数据库里面选择自己需要设计引物的基因,然后查找到该基因的DNA序列。

  3.点击上图中页面靠右上角“send”旁边的倒三角形下拉符号,在下拉框下面圆点选择“Coding Sequences”,Format下面选择“FASTA Nucleotide”,最后点击“Create File”,可以得到TXT的序列文档的下载提示框。

得到TXT的序列文档.png

  4.在下载提示框里点击下载,将得到的序列TXT文档下载下来,然后打开该文档,选择文档中的基因序列部分,复制。如下图示。

选择文档中的基因序列.png

  5.然后回到primer premier5.0 打开界面,点击左上角的“file”,选择下拉框中的“new”,再点击横框中的“DNA Sequence”,则会弹出新的对话框。如下图示

354.png

  6.在上述界面中,导入你复制的序列,即在下面红箭头所指的地方Ctrl + V(粘贴) 你刚才复制的序列,在新的对话框内按“OK”选项,这样TXT文档中的序列就被导入到软件中了。

序列就被导入软件中.png

序列就被导入软件中.png

  7.点击下图1中左上角中的“primer”,弹出新界面如下面图2所示,点击图2中的偏左上角中的“Search”,则会弹出新界面。

点击Search,弹出新界面.png

  8.如下图示新界面,在新界面设置你需要设计的引物的相关参数。主要有五个要设置的地方,如下图红箭头标示。第一个地方是选择设计PCR引物,测序引物和杂交探针,如果要做PCR就选第一个圈圈“设计PCR引物”。第二个地方是搜寻模式,一般我们搜索引物是以对搜,所以一般选"pairs"。第三个地方是正负链的所在区间以及产物的大小长度,这个按自己的需要来,跟实验目的有关,具体情况具体分析。第四个地方是引物的长度以及正负波动值,一般来说引物长度在18——27范围内。第五个地方是选择模式,一般选“auto”。设置完上面所说的这些地方后按“OK”键,则跳转到新界面。

按“OK”键,跳转到新界面.png

  9.在新界面中点击“OK”(如下图示),会出现新界面。

点击“OK.png

  10.在新界面中,右边表示引物的相关评分等信息,左边是该引物结合所在区间位置。

区间位置.png

  11.一般来说,选择右边评分最高的引物,点击使其成绿色,然后点击左上角对话框中的“File”下面的“print”横框中点击"Current Pair", 这样就能将所获得的设计的引物序列以及其详细信息导出来了。

信息导出来.png

  这次小编给大家整理的怎样用primer premier5.0软件设计引物序列,读者也可参阅起来。

  想要了解更多的资料、信息,可持续关注我们,我们将为大家提供有价值、有需求的材料。为大家在科研中省去烦恼。

标签: primer premier5.0
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